Una de las principales líneas de ayudas y subvenciones para autónomos es el Programa de Fomento del Empleo Autónomo, dirigido a los desempleados que quieran emprender y desarrollar su negocio como empleados o trabajadores autónomos.

Aunque está financiado por el Fondo Social Europeo, es un programa nacional y su gestión está transferida a las Comunidades Autónomas, que son los que, a través de sus respectivas Consejerías de Empleo, establecen las condiciones de la ayuda que se aplican en su territorio.

La subvención para el establecimiento como trabajador autónomo o por cuenta propia es la principal medida,  porque es una subvención a fondo perdido para financiar inversiones en activos necesarios para la creación de empresas, con tapes que van, en la mayoría de Comunidades Autónomas, entre 5.000 € para desempleados en general y 10.000 € para los desempleados en el caso de  mujeres con discapacidad.

En medio se encuentran los topes de subvención para los jóvenes desempleados menores de 30 años (6.000 €), las mujeres desempleadas (7.000 €) y las personas desempleadas con discapacidad (8.000 €).

El programa también incluye una serie de medidas interesantes como la subvención financiera, que le permite reducir hasta cuatro puntos porcentuales los intereses a pagar sobre los préstamos destinados a financiar inversiones en activos fijos, la subvención para asistencia técnica, ayudando hasta con  2.000 euros para la contratación de expertos y la beca de formación, que prevé hasta 3.000 euros para financiar cursos de formación.

Sin embargo, cada región tiene capacidad para determinar los montos, plazos, requisitos y condiciones de estas ayudas. Las principales diferencias se refieren a la fecha límite de solicitud. Mientras que en algunas comunidades (Cantabria, Castilla La Mancha, Madrid, Navarra) se especifica que en el año 2011 permanece abierto durante todo el año y en otras comunidades se puede interpretar que también es todo el año  (Aragón, Canarias, Cataluña, Extremadura, La Rioja, Murcia). Otras tienen más tiempo limitado (Andalucía, en marzo y septiembre, hasta el 30 de septiembre de Asturias y Valencia hasta el 30 de junio) y otras todavía está pendiente de convocar (Islas Baleares, Castilla y León y Galicia). Vale la pena mencionar el País Vasco, donde el programa parece estar bajo revisión después de la transferencia de competencias.

También tenemos que tener en cuenta que el presupuesto disponible es generalmente mucho menor que el número de solicitudes recibidas, por lo que algunas solicitudes no llegan a conseguir la ayuda. También es muy elevado el tiempo de tramitación de las subvenciones debido al gran numero de solicitudes..